随着佛教信仰的普及，僧尼的增加，对僧众的管理就显得非常必要。最初传入佛教时，是没有僧官制度的，朝廷只是让鸿胪寺兼管僧尼。一般认为，后秦姚兴最早设立僧官，他敕道□为僧主，僧迁为悦众(即知事)，协助僧主工作，法钦和慧斌掌管僧录。但后秦没有设立完备的僧尼管理机构。南北朝时，南朝沿用后秦的僧官设置，北朝则另有一套。北魏设监福曹，后又改为昭玄寺、崇玄署，配置大统一人，统一人，都维那三人。大统和统，都称为沙门(大)统或昭玄(大)统。北魏第一个僧官当是法果，道武帝诏令他任道人统，绾摄僧徒，明元帝时依然任他为此职。继任的道人统是师贤，师贤之后是昙曜，这时改称沙门统。惠深、僧显也都任过沙门统。北齐、北周的僧官制度，一如北魏。北齐天保(550-559)年间，设十位沙门统，后来文宣王根据大臣的建议，以法上为大沙门统，“上法师可为大统，余为通统”(《法上传》，《续高僧传》卷八)。北周时，昙延任国统。北朝也设维那一职，为沙门统的副职。各州、郡均设州统、州维那，郡统、郡维那。

南朝的僧官制度，机构设置不如北朝那么正规，南朝最高的僧官是僧正，或称僧主，又因其身居京城，也称都邑僧正或京邑大僧正。宋孝武帝时，昙岳、智斌先后为僧正，孝武帝大明(457-464)年间，任道温为僧正，明帝时，慧亮和昙斌先后为僧正，后又任僧瑾为僧正，僧瑾之后是昙度。萧齐初年，齐高帝敕道盛任僧正，地方上的僧官，僧慧和慧球先后被任命为荆州僧主，慧基则担任浙江一带的僧主，他“掌任十城，盖东土僧正之始也”(《慧基传》，《高僧传》卷八)。看来慧基是浙江地方上的首任僧官了。梁代初年，萧衍敕慧球为僧正，慧球这是高升了，由荆州僧主一跃而成为全国僧主。天监七年(508)前后，惠超为僧正，后来法云也曾担任此职。吴郡一带的僧正，天监八年(509)由僧若担任。萧衍还设置白衣僧正一职，由在籍僧人以外的人担任，他自己都想任此职，后来经过僧人智藏的劝说，他才打消此念。陈文帝时，敕宝琼为大僧正。

南北朝的寺院经济已经成为整个社会经济的一个重要组成部分，但由于它是相对独立的，它的发达就常常导致与世俗经济的矛盾，在历代对佛教的抨击中，批评其经济实力的膨胀常成为重要的内容。寺院经济的来源，除了各界的施舍，寺院本身有房产、田地等不动产，还有依附民。寺产所出，都是免税的，寺院依附民也不必再向国家交税纳役。

南朝的寺院经济活动中，有一项叫做“质库”，这在中国经济史上，是典当业务之源。质库就是后来的当铺，专门办理质押业务，以低于实物价值的押金收取质押物品，过期不赎，如果要在期限内赎回，则须收取极高的利息。《南史》卷七十《甄法崇传》中已有质库经营的记载了。

北朝的寺院经济中，突出的一点是设立了僧户和佛祇图户。僧正昙曜曾上奏说：“平齐户及诸民，有能岁输谷六十斛人僧曹者，即为僧祇户，粟为僧粟。……又请民凡重罪及官奴，以为佛图户，以供诸寺扫洒，岁兼营田输粟。”(《魏书·释老志》)

北魏文成帝同意了他的意见，于是僧祇户和佛图户成为定制，并遍及各地州镇。僧祇户是专门为寺院生产粮食的民户，他们并不是属于某一寺院的，而是属于某一地方的佛教僧团。每个僧祇户必须保证每年能向僧团提供六十斛粮食，称为僧粟。僧粟也不是交给某一寺院，而要交给地方僧官统一掌握。按设置僧祇户的原意，也有在灾荒时赈济饥民一项。佛图户的地位则要比僧祇户低，他们由罪犯和官奴组成，分属各寺院，成为寺奴，除了寺院的日常劳动，他们还要耕种寺田。僧祇户和佛图户都能免除政府的税收和劳役，实际上把原本属于各级世俗势力的一部分利益转给寺院了。