公元6世纪，佛教由中国大陆传入日本，这在日本文化史上是一件大事。这不仅为日本的传统文化输入了新的内容与营养，使其变得丰富多采起来，同时也推动着日本社会进入一个在本土文化与外来文化相互融摄中不断发展的新时期。两种异质文化的交流，必然会有一个分辨、选择、淘汰、消化的过程，而作为接受主体的日本文化所固有的传统以及当时社会发展需要所发挥的制约作用，则决定了对中国佛教进行选择与消化的取向。正是这一点，规定了日本佛教既与中国佛教同宗同源，但又不是中国佛教照相式的翻版，而是经过日本文化改造的变形物。表现在僧官制度方面，呈现出既有借鉴、雷同，亦有创新、变异的形态，而且伴随着日本社会的前进，其内容不断推陈出新，凸现出每一历史阶段的特性。
一、僧官的初设
日本佛教僧官的设置，始于推古朝。在朝廷的支持下，此时的佛教已在社会中稳固立足，而且有了较大的发展。据推古三十二年(624)统计，时有寺46所，僧816人，尼569人。由于当时缺乏系统的律学理论的指导和规范性的授戒仪式，使私度僧尼不断增加，违犯戒律之事也时有发生。据称推古天皇三十二年(624)，有一僧人持斧殴打祖父。推古天皇闻之大怒，即宣诏诸臣：“僧尼居于持戒之地，反作恶逆。凡住寺之僧悉召之讯问，凡有犯戒者，皆重罚不贷。”此时，百济僧观勒上奏说，僧尼之所以辄犯恶逆，只因未习律法之故，请求天皇严治罪僧，赦免他人。他的意见被天皇采纳。为了杜绝类似恶逆之事的发生，以律法有效轨范僧尼行为，遂于同年始设僧官。天皇敕命观勒为僧正，鞍部积德为僧都，俗人阿昙连为法头，委以统领全国寺院僧尼、维护教法之责。“僧正”、“僧都”的称谓都取自中国佛教的僧官制度。继观勒之后，于推古三十三年(625)来日初传三论宗的高丽僧慧灌成为第二僧正。大化二年(646)，慧灌奉诏在宫中宣讲三论宗。结束之日，其门徒慧师、慧轮、智藏等也被任命为僧正。“法头”是日本佛教特有的僧官，负责巡查诸寺，检校僧尼以及寺中奴婢、田亩数量等，在日本历史上只有两次任命。继推古朝之后，大化元年(645)孝德天皇任命来目臣等三位俗人为法头，检查全国各寺僧尼，核实寺院额定僧尼、土地，对于僧尼脱籍的寺院，施与土地。自此以后，再无关于此职的记载。
大化革新以后，日本的政治机制发生了重大转折，也把佛教推向一个全新时期。大化元年(645)在百济大寺召集僧尼，颁布兴隆佛教的诏书，并仿照唐初所设置的检校僧尼的“十大德”，首次任命慧灌、福亮、惠云、常安、灵云、惠至、僧旻、道登、惠邻、惠妙(惠隐)为“十师”，按孝德天皇“ 宜能教导众僧，修行释教，使之如法”的诏令，委以十师统筹管理全国佛教事务、兴隆佛法、教导全国僧尼的职责。其中僧旻、惠云、常安、灵云都曾来中国留学求法，尤其是僧旻居中土25载，于唐初回国后，为引进隋唐的政治、经济制度起到重要作用。同年，根据天皇诏令，在各个寺院设置寺主和寺司两职。“寺主”乃一寺之主。“寺司”一职始于推古朝，但仅限于法兴寺，由苏我马子之子善德臣担任；现把此职推广到诸寺，仍由俗人担当，负责寺院的经营、修缮等事务。这样，初步形成了国家和寺院两级，僧俗共管、各司其职的僧官制。
天智天皇(661—671)时，正式确立僧正为最高僧官，其下设僧都，再下设两名佐官的制度。天武十二年(684)天武天皇将此制度改为僧正、僧都、律师三个阶次，合称“三纲”，委派有德行、有威望的高僧就任，成为中央级的最高僧官机构。701年《大宝令》发布后，僧纲上属八省之一的治部省玄蕃寮管辖，划定药师寺为纲所，僧纲的任命统一根据《大宝令·僧尼令》的规定执行，必须在治部省具状才可行事。与此同时，诸寺设置上座、寺主、都维那“寺院三纲”，管理本寺僧尼及其教务。寺院三纲受中央僧纲和地方的国司、郡司的监督。三纲各有职权范围：上座为僧众中之长老，由德高望重者担任；寺主总理寺务，都维那主管僧事，按寺规指挥日常诸事。为了维护僧团的稳定，以及上下等级秩序，《僧尼令》规定僧尼死亡、还俗，寺院三纲应在规定期限内上报官府除名，全寺僧尼必须尊重服从三纲的管理，禁止辱骂等不恭行为。大宝元年(701)文武天皇始设地方僧官——国师，住在各个行政区(国)的大寺内，配合国司监督管理本地方僧尼，检校寺产，并兼讲说经论之职。国分寺建成后亦归国司、国师的共同监督之下，由寺院三纲执行具体事务。因此，“国师”作为一种僧官职称，和中国佛教中对学德俱优、堪为一国师表之高僧所敕封的“国师”封号有质的区别。后世“国师”改称“讲师”，其职权发生相应变化。1308年以花园天皇 (1303—1313)追谥圆尔辨圆为“圣一国师”为开端，不少著名禅师受赐“国师”称号，中日两国“国师”封号的内涵遂基本趋向一致。
二、僧官制度的时代变易
1、奈良时代
奈良时代，日本王室将佛教视作“镇护国家的要法”而致意兴隆，从而使僧官的配置趋向周密。
首先，奈良时代一承前朝的僧纲，敕任了不少的硕学大德，并设置了三阶五级的差别。僧正分为大僧正、僧正，僧都有大僧都、少僧都之别。例如，法相宗四传义渊受到天智、天武、持统、文武、元明、元正、圣武七朝的崇敬，其学德堪为世范，被敕任为僧正。养老年间(717—724年)入唐学法18 载的法相宗僧玄昉于天平九年(734)受赐紫袈裟，供职于内道场，被敕任为僧正，权倾朝野。“大僧正”的任命始于法相宗僧行基。行基曾投学义渊门下，积极进行民间传教和社会公益事业，尤在协助修造东大寺和国分寺过程中，率徒众四处募化，出力甚钜，于天平十六年(745)正月，一跃受任大僧正。但此后的二百三十余年间，此位一直空缺，直到天延四年(976)天台宗僧慈慧由少僧都跃升为大僧正，才重新有了这一任命。慈慧可算是日本天台宗“睿山极盛时代”的造就者，门下人才济济，他多次被敕任为大僧正，可以想见其受朝廷尊崇的程度。作为“平安二宗”之一的真言宗，于宽和二年(986)宽朝升任大僧正，成为弘法大师(空海)后继者中任此最高僧职的第一人。
“大僧都”之职的首任者是道昭，他于孝德天皇白雉四年(653)奉敕渡唐，入玄奘门下修习因明，学成归国后，在元兴寺传播法相宗，为该宗的第一传，文武天皇二年(698)被敕任为大僧都。天平胜宝六年(754)，为了弘传律宗，不顾生死、六次东渡的鉴真大师被敕授最高荣誉僧位——传灯大法师位，翌年又被敕任为大僧都，其弟子法进被敕任为律师。宝龟五年(774)法进晋升为大僧都。日本华严宗二祖良辨因在修建东大寺中出力甚大，于天平胜宝三年(751)被任命为少僧都，755年与鉴真同被任命为大僧都，后升任僧正。
“律师”始设于天武天皇十二年(634)，在圣武天皇时曾敕任入唐请益僧、日本三论宗第三传道慈为律师。奈良时代，在“律师”一阶中曾有“大律师”和“中律师”的称号，但它只缘于道镜为了援引自己的党羽基真与圆兴而设置，天平神护二年二人分别被授任大律师和中律师，桓武天皇延历十三年(794)被废除，两称号仅存世27年。
其次，僧纲的职权被进一步扩大。据718年10月的太政官令，僧纲职责还包括：向朝廷推举“法门之师范者”，以表彰其高德；荐任有才干的学僧担任僧官；根据僧尼的素养和佛学水准，为其讲说众理，使之学习诸义，“皆令所学”，“勿使浮游”。天平宝字四年(760)淳仁天皇依照僧纲所奏，首次设置僧位，分为传灯大法师位、传灯法师位、传灯满位三种，由天皇敕授，其下还设有十三阶，按僧纲的奏请任命。
再次，出现了别当、造寺司、法王、威仪师等新的僧官职称。“别当”，原意是除本职外，还兼有他职之意，用在佛教僧官上，则相当寺院的座主，是统掌一寺的主管。如天平十七年(745)圣武天皇任命玄昉为当时“天下三戒坛”之一的筑紫观世音寺的别当。天平胜宝四年(752)孝谦女帝敕任良辨为东大寺首任别当，司杂务，兼法务。稍后的天台宗僧光定(779—858)师事最澄，最澄入寂后奉敕兴建大乘戒坛，后历任延历寺别当，有“别当大师” 之誉。此外，法相宗兴福寺的别当皆出自显贵之门。自中世以后，四天王寺别当一职又成为天台宗山门和寺门两派竞相争夺的目标之一。
“造寺司”一职是举国大兴造寺之风的产物，由天皇委任，主要负责营造某一寺院的具体事务。如大安寺移建奈良时，道慈受诏为“造寺监护”，他以唐西明寺为蓝本修建大安寺。造东大寺时，圣武天皇敕任良辨为“造东大寺司”(延历八年废)。而自称德天皇以来最受重视的是“造法华寺司”(延历六年废)。后世仍有此职的任命，如延历十五年(796)在平安建东西两寺时，曾设造寺司，任命造寺长官。
“法王”等称谓专指法相宗僧道镜及其弟子。道镜深得孝谦上皇的宠信，其职从“少僧都”、“大臣禅师”，一直晋封为“太政大臣禅师 ”，既左右朝政，又支配全国僧尼。天平神护二年(766)敕授“法王”之位，弟子圆兴、基真分别得授“法臣”和“法参议”。“法王”享受天皇待遇，“法臣 ”和“法参议”相当正三位和正四位官职。神护景云元年(767)模仿宫廷官制，建设“法王宫”，内设长官、次官、判官、主典四种法王宫官，全部由道镜的亲信担任，使之权势日盛，甚至想谋取皇位。可见，“法王”等称谓反映了奈良佛教与政治密切结合的突出特点，又是僧侣直接从政为官的一个缩影，被日本佛教界看成是奈良时代僧侣腐败堕落的典型事例。
到奈良末期，光仁天皇(770—781)为了肃正僧风，控制剃度僧尼的数量，于宝龟二年(771)应僧纲的奏请，在僧纲内增设“威仪师”六人，及作为威仪师的辅员“从仪师”，专门纠察监管全国僧尼风纪之事。此间，僧纲与官位已有明确的对应，僧正配从四位，僧都配正五位，律师配从五位。
2、平安时代
伴随佛教的兴隆及天台、真言二宗的创立与发展，僧官制发生了如下变化：
第一，僧纲有了权官职位，即权僧正、权大僧都、权少僧都、权律师，使奈良时代的三阶五级发展为三阶九级制。对于僧纲的受命标准，朝廷规定真言宗僧在灌顶后须经过传灯法师位、大法师位，并有加持祈祷效验者，才可晋升僧纲；其它诸宗要在担任维摩会、金光明会、法华会讲师之后方可受命僧纲。弘仁十年(819)对僧纲的人数作出规定，要求僧正和大、少僧都各一人，律师不得超过4人。但实际上僧纲人数逐渐突破限制。因此除增设各阶权官外，又于贞观六年(864)新置法印、法眼、法桥僧位，并授予僧官阶位。法印为僧正阶，法眼为僧都阶，法桥为律师阶。此后数百年间，僧纲的权力迭有盛衰。明治初年政府废僧官制，1884年准许各宗自立宗制与寺法，各立僧正、僧都，但已然失去僧官阶位的意义，只表示僧人的学德而已。
第二，“法务”一职的正规化。“法务”不是平安时代的创新，它始于推古朝的僧人观勒，属僧纲所的设职，司掌诸寺的法事或僧尼剃度、化缘之事。但此职的任命一直时断时续。平安时期，“法务”的任命趋向正规化，通常由僧正兼任，有总、正、权之别，如受天皇器重的法相宗僧正护命(750— 834)曾出任此职。
第三，伴随天台、真言两宗的传播与发展，相继出现新的僧官称谓。它们是：
座主始设于两宗的总本山比睿山延历寺和高野山金刚峰寺，由朝廷任命学德兼具的上首者担任，负有统领管辖全山的职责。天长元年(824) 淳和天皇赐敕最澄弟子义真为天台一宗的“儒者”，乃睿山座主的起源。仁寿四年(854)圆仁受命为延历寺座主，管理睿山十年，是有“座主”公称的开始。贞观十年(868)圆珍就任第5代天台宗座主，在职达24年。围绕座主一职，圆仁法系与圆珍法系争夺激烈，最终分立为山门(睿山)和寺门(三井寺)两派，武装冲突不断，长期未能相和。高野山金刚峰寺座主始设于仁和四年(888)，由僧正真然举荐，弟子寿长被诏敕此职。延喜九年(909)深受南北僧徒尊敬的权僧正观贤补任醍醐寺座主，为真言宗醍醐寺有座主的开始。大治六年(1131)根据白河法皇的诏令，把真言宗大传法院永远作为祈祷镇护国家的寺院，参与筹划与扩建的觉鑁受敕任首任座主。
长者为真言宗东寺的设职，有一长者、二长者两个等级。作为一寺的总管人，亦是一宗的最高职位，由年高德劭者出任。弘仁十四年 (823)天皇下诏，把东寺赐予空海，作为弘布真言宗的永久基地，赐寺号为“教王护国寺”。从此，空海及其弟子长期居住此寺。僧正真济、真雅、宗睿、真然、权僧正观贤都曾受命出任长者之职。而且，观贤还开创了东寺长者兼金刚峰寺座主之先河。
行人后世亦有“旗头”之称，设在真言宗根来寺、大传法院等寺院，专门管理香花、饷米、封禄、贡赋、出纳等俗务。建武年间(1334 —1338)为了防范军卒的闯入，行人常常执甲抵御，使势力增加很快，到元龟(1570—1573)、天正(1573—1592)年间，行人可率众数千，又配有兵器，俨然成为一个兵团。后在丰臣秀吉的武力打击下，其势力开始衰落。明治三年(1870)被废除。
长吏是设在天台宗的僧官，掌理一寺事务，其称因寺而异。如园城寺长吏亦叫寺门长吏、三井寺长吏，贞观元年(859)圆珍任此寺别当时首用此称。劝修寺长吏叫作别当，始于延喜十八年(918)的济高。横川首楞严院的长吏称为检校，始于安慧。
第四，为了祈祷皇室与国家的安泰，平安时代各种供养经论的法会十分盛行，于是讲师、读师、复师等职位也应运而生。各国（古代日本行政区）均设有讲师、读师等职。“讲师”为讲明经论之僧；“读师”是讲师的副员，为读诵经论者；“复师”乃复述发挥讲师所讲的义理。延历年间(782— 806)规定，在受戒之后，能背诵一卷《羯磨四分律钞》并在本业十条考试中通过七条以上者，才能被任命为一国的讲师。后因天台宗和真言宗竞争不止，又规定凡在东寺、西寺担任过一届三纲职位者，可直接被任命为各国的讲师、读师；凡在延历寺担任过一任上座、寺主者，可任命为讲师，任一届都维那者，可被任命为读师。鎌仓时代，入宋6年、首倡无准禅道的圆尔辨圆被敕任为“日本国总讲师”，可谓是一种最高的褒奖。
此外还有已讲、内供奉、阿阇黎三职，统称“有职三纲”。平安时代，参加奈良举行的维摩会、御斋会、最胜会等讲经法会而毕业者，日本佛教称之为“得业”，可奉敕担当三会讲师。尚未开讲者叫作“拟讲”，已受敕封正式开讲者为“已讲”。现已演化为净土宗、净土真宗大谷派的学阶名称，以示僧人学识的阶段层次。“内供奉”即在内道场供职的高僧，常在宫中值宿。为天皇圣体安康进行祈祷的僧人又称“护持僧”，起初最多不过三人，后逐渐增加到八九人之多。“阿阇黎”指既能教导弟子，使之行为端正合宜，自身又堪为众徒之楷模者，由政府任命，是自平安朝以来诸代相承的一种僧职。分为三种，一是七高山阿阇黎，原指比睿、比良、伊吹、爱岩、金峰、葛木、神峰等七山寺院奉敕祈祷的高僧，后其它大寺也设有此种阿阇黎。二是传法阿阇黎，司掌天台密教和真言密教的传法灌顶之职。三是一身阿阇黎，多为贵族名门出身者，仅限其一身有传法灌顶之权。三种阿阇黎都有大小之别。仁明天皇(833—850)时，在宫中设真言院，创办“后七日御修法”，空海任大阿阇黎。此后成为惯例，每年由东寺一长者出任大阿阇黎，亦称“后七日阿阇黎”。仁寿四年(854)朝廷任命安慧、慧亮为三部大法的阿阇黎，成为以朝廷之命设置传法阿阇黎之嚆矢。“一身阿阇黎”始于天台宗僧寻禅。他出身高贵，受教于慈慧，被直接任命为权少僧都，又升至权僧正，开创了大臣之子受命僧纲的先例。此外还有悉昙阿阇黎、声明阿阇黎等。
“学头”之职是在天台宗和真言宗大兴教相研究的背景下产生的，负有教导众僧之责。承和十三年(846)，32岁的圆珍因习学显密二教，综览各宗要义，才德超卓，智略高深，而被睿山僧徒推举为学头，以“劝勉长幼，扶掖上下”。大治五年(1130)，觉鑁在高野山设置学头一人、学侣36 人，专修学业，信慧受命为最初学头。文永三年(1266)真言宗新义派的集大成者赖瑜出任大传法院的学头。明治三年(1870)“学头”一职被废除。
3．鎌仓与室町时代
鎌仓时代是日本民族佛教的形成期，一些颇具民族特色的新宗派迅速传播。究其内因，一方面是新宗派的教理易被广大民众接受；另一方面，幕府对佛教的保护支持兼有适当抑制的宗教政策，同样是非常重要的因素。在此背景下，僧官制出现了与之相适应的新的变易，突出表现在：
首先，顺应幕府修复兴建寺院的需要，设置“大劝进”一职。鎌仓初期，幕府通过朝廷组织国力，大力修复毁于平安末年战乱的寺院，其中修建东大寺是最大的工程，所以“东大寺大劝进”一职最受重视。幕府委任曾两次入宋的重源担当东大寺大劝进，具体负责筹资和工程事宜。建永元年(1206)重源圆寂后，荣西受命为东大寺大劝进，他运用在中国天台山修造堂廊的经验，先后建成东大寺佛殿、七重东塔以及京都法胜寺九重塔。其后荣西弟子行勇、圆尔辨圆以及对律宗的复兴有很大贡献的忍性都曾奉敕担任此职。
其次，鎌仓时期禅宗全面传入日本，到室町时代，禅宗已占据主导地位，尤其是临济宗受到历代将军和朝廷公卿的归依，十分盛行。为了加强对禅林的管理，室町幕府初设“禅律方”，后改“僧录司”，统摄全国禅宗官寺，推行幕府的文教政策。具体而言，僧录司负责对“五山十刹”及各地禅宗官寺住持的任免、裁决诉讼、寄进领地以及收各种公文钱，并参与政府的政治外交乃至文书简牍等。康历二年(1380)后圆融天皇敕任富有翰墨之才的临济宗僧春屋妙葩为首任僧录，任所以京都相国寺为中心。因圆融天皇十分钦敬通门寂灵的高尚德行，也曾特敕授以僧录之职，成为曹洞宗僧任此职的第一人。后僧录司专由相国寺鹿苑院院主担任，继春屋妙葩后，绝海中津、空谷明应、瑞溪周凤、横川景三等都任过此职，由梦窗疏石一派长期据有。其中以博学高德而名闻遐迩的瑞溪周凤曾三次被敕任为僧录司。足利义敬时，该职的实权转移到荫凉轩留守职的手中。“荫凉轩”是鹿苑院中供将军休憩的居所，“留守职”原为僧录属下负责与将军联络等事宜的职务。文安二年(1445)以后，相继有大德寺、妙心寺、总持寺、永平寺等大寺院脱离僧录司管辖，从而动摇了该职位的权限。
再次，室町时代随着庄园制的解体，在各个村落中形成了以中小地主、自耕农为骨干的农村自治组织，为一向重视民众传教的净土真宗提供了新的机遇。其中本愿寺教团八祖莲如很快顺应这种社会构成，利用村自治组织设置负有传教使命的“坊主”。它同中国佛教中的“坊主”职能明显不同，是为了实现村落组织和信仰组织结合起来的一种尝试。每一坊主所辖的门徒多寡不一，下设称为“讲”的门徒组织。到显如时代，该派的势力益发壮大，永禄二年 (1559)显如升至僧正，同年正式设立“坊官”一职，掌握本派的财务与俗务，并分法眼、法桥两级，由其家司下间赖总任法眼，赖良、赖资任法桥。此后下间氏世代承袭此职，明治四年(1871)被废。
另外还应提及的是，在室町时代，中国唐宋禅寺的清规已较完整地移植到日本，参照《百丈清规》、《禅苑清规》，制定约束寺僧修行和日常生活的仪规，任命禅林僧职管理禅刹。如曹洞宗出台的《典座教训》、《知事清规》、《众寮清规》等，均对首座、典座、监寺、直岁等的职责与规范以及寺中秩序作出了明确规定。
4．江户时代
1603年德川家康在江户设立幕府，建立起以德川氏将军为顶点的最后一个武家政权。在推进中央集权政治体制的过程中，亦通过法度的途径把佛教纳入了封建统治框架之内。首次确立公家、武家、佛家制度，禁止滥授僧官僧位，严格晋级法规，尤其对前朝僧录司制度进行调整与改革。元和元年 (1615)幕府下令把僧录司移至南禅寺金地院，命佛教各宗皆设僧录职务。与此同时任命临济宗僧崇传为诸寺僧录，全权负责幕府的宗教行政。不仅掌管禅刹的事务，还通过各宗僧录司掌管各宗诸寺，而且参与幕府的军政机要，起草外交文书，参加制订自1608年至1615年间的一切寺院法度。崇传去世后的宽永十二年(1635)，在幕府和各藩设寺社奉行，主管各地寺社、神官、僧人及寺社领地的民众，从而大大削减、分流了僧录司的职权。从此仅有临济宗五山派归辖金地院。
为了有效地控制各宗，幕府命各宗在江户设置“触头”，即在江户和各藩设联络办事机构，其职责是把幕府及各藩寺社奉行所下达的政令、法规传达到各宗诸寺，并把各寺院上报给两级寺社奉行的文书转呈上去，对自己联络范围内的寺院寺僧进行监督管理，对不法行为者有一定的处治权。如按照庆长十一年(1612)对曹洞宗下达的法度，由下总的总宁寺、武藏的的龙隐寺、下野的大中寺作为全宗的总僧录，统辖曹洞宗在各地的录所；以江户的总泉寺、青松寺、泉岳寺作为触头。这样通过“触头”联络诸宗诸寺的模式，达到了控制整个佛教的目的。对于触头，净土真宗叫轮番或录所，净土宗叫役者，真言宗称在番。
在德川时代，对佛教各宗的法度已十分明细，其中提倡僧人专心研究教义与修行是一重要内容，体现出幕府重文教、奖励学问的策略。于是便产生了“能化”一职，意思是能教化他人者的传法人，同历史上的“学头”有相似之处，负有向众僧讲释宗义宗规之责。因幕府对各宗的法度不同，所以各宗的能化设置也略有差异，但必须起用德高望重的学问僧则是共同的。如《关东新义真言宗法度》规定，凡在山研习学问不足20年者不得担任能化。《妙心寺诸法度》和《大德寺诸法度》中能化的基本条件是必须修行30年并参透1700则公案者。真宗本愿寺教团最初采取“能化一人”制，因准玄创学黉有功，被提拔首任能化。文政七年(1824)废“能化一人”制，改设“劝学”、“司教”、“助教”与“得业”。能化在天台宗仍称“学头”。净土宗称之为“伴头”，规定只有完成8 部佛学课程、约24年的时间才能达到此职位。
三、近现代的佛教僧官
明治政府成立以后，在“王政复古”、“祭政一致”的口号下，恢复了天皇拥有无上权力的天皇制度，在宗教方面推行禅道国教化政策。明治初年政府对佛教的种种干预与利用，都围绕这一主题展开。明治五年(1872)3月，政府设置教部省，任命神官、僧侣担任教导职。6月在各宗设置教导职管长，令其统辖全宗。8月，废除僧位僧官，规定僧侣是一种职业，命他们称姓氏，解除禁止僧人食肉、娶妻、蓄发的禁令，为僧人出任教导师扫除障碍。明治6年(1873)教部省以训令方式向教导职管长颁布宣教提纲，命令传达到全国教导职，并每月向教部省上报讲演录。明治七年 (1874)再次规定非教导职者不得出任寺院住持，从而使各宗诸寺的住持皆成为教导职。教导职为教部省的属员，分为从大教正、权大教正、中教正到训导、权训导的14个等级，是当时僧人社会地位高下的重要标志。教导职的使命就是围绕“敬神爱国、明天理人道，奉戴天皇、遵守朝旨”的教则，向人民宣传敬神忠皇、神德皇恩，人魂不死以及儒家说教，为巩固天皇专制统治和维新政策服务。明治十七年(1884)8月，政府下令废除一切教导职，并明确了佛教诸宗的管长制运营机制，成为近现代日本佛教的基本组织模式。
管长制初设于明治五年(1872)，规定天台、真言、净土、禅宗、真宗、日莲、时宗为一宗一管长制。明治十七年8月，政府下达委派神道、佛教各派管长的文件，把管长制推广到各宗各派。该文件赋予管长极大的权力，既是一宗一派宗教上的最高权威，亦是宗教行政的最高首脑。文件规定，佛教各宗应定管长一人，各派亦可设置管长一人；选定管长的规则根据各自教规宗则决定，并经内务卿承认；管长的职责是根据立教开宗之旨，制定宗制寺规，规定僧侣和教师的资格与称号，任免寺院住持，陟黜教师，管理宗寺财产，对政府的监督官厅负责。按照文件精神，各宗派都在本山推戴管长，天台宗管长用“座主”旧称，任期七年；真言宗管长称“长者”，由十一个大本山的住持交替任职，任期三年；曹洞宗叫贯首，由永平寺和总持寺两大本山的两位贯首轮流担任，为期一年；净土宗与日莲宗以四大本山的住持作为管长的候选人；真宗十派各设管长，其中东西本愿寺的管长为世袭制；临济宗十派也各设管长，同其它宗派一样，由末寺选出。
伴随管长制的实施，各宗派在组织建构上作了局部调整，其中最具现代性的是组成议会，其议员由各教区的选举区域选举产生，参加定期召开的宗议会，协商决议本宗派的重大事宜。宗议会至今仍是各宗的主要决策机关。真宗大谷派议员又称“赞众”；本愿寺派称为“会众”，有由管长特任的“特选会众 ”和由选举产生的“总代会众”两种。日莲宗议员则分甲乙两部，半数由管长推荐。
第二次世界大战以后，各宗顺应社会的深刻变化，对内部机制重作若干改革。如净土宗、净土真宗等取消管长制，以门主、法主作为宗派的宗教权威，另由宗务总长主持日常工作，形成了法统和宗政的两套班子。由于宗务机关分工的细密化，使僧职大幅增加，而且其称谓愈发世俗化。如天台宗宗务机构的任职除宗务总长外，还有部长、室长、参务等。净土宗设职有宗务总长、部长、课长与委员。日莲宗等还设有参事、主事、书记及事务员。
近现代崛起的新兴宗教，均取在家的组织形态，教团负责人及各级组织者均以干部相称，广泛使用会长、副会长、理事长、理事、支部长、部长、组长等世俗社会的职称。灵友会、立正佼成会的“法座长”是一较特殊的称谓。“法座”即教团用以学习教义、交流信仰体会、探讨人生的基层活动形式，“ 法座长”即为召集主持人。
