怀海对禅宗的重要贡献，是他制订了“禅门清规”，即后世所称的“百丈清规”。

　　禅宗在六祖以前，徒众并不是太多，接受祖位，也都是一脉单传。传到六代祖师慧能，由于六祖的大弘，四方学者辐凑，从六祖得法的弟子很多，他们又各有徒众，所以，百余年间禅僧剧增。但是这些禅僧们以道相授受，有的岩居穴处，多半寄住在律宗的寺院。有些寺院常住千余人乃至二千多人。随着禅宗的兴盛，参学的僧俗更是日益增多。有远识的禅宗大匠已意识到禅僧住在律寺内尊卑不分，对于说法住持和集体修行生活都不合规则。于是，从马祖道一起便开辟荒山另建禅寺，但当时尚未有丛林规章制度。

　　是百丈怀海禅师根据中国国情和禅宗特点，折衷大小乘戒律，大刀阔斧，改革了佛教东来的制度，正式制定了“丛林清规”。据《释门正统》载：“元和九年，百丈怀海禅师，始立天下丛林规式，谓之清规。”

　　因怀海有“百丈禅师”之称，所以他制订的清规也称《百丈清规》。《百丈清规》的“清规”有清净规约的意思，是禅宗的丛林制度。所谓“丛林”，是比喻的说法，通常有二个意思：丛多的比丘一处和合，如同大树丛聚，故称僧众聚集树地方为“丛林”，通常指禅宗寺院；丛林也借喻草木生长有序，用以表示僧众有严格的规矩和法度。怀海所订的“丛林制度”，也就是禅宗寺院组织的程序和寺众(清众)日常行事的章程准则。

　　《百丈清规》对于住持、法堂、僧堂和寮舍等都作了明确的规定。其大体的规定是：“不立佛殿，唯树法堂”。这是因为佛祖亲自嘱咐，以现前的人法为重，以表示佛法的超乎言象。

　　立德高望重、深具禅学见解者为丛林住持，是禅众之主，地位最高，尊为长老，居于方丈。

　　参学僧众不论高下、多少，一律入僧堂居住；在僧堂内设“长连床”；供坐禅偃息。

　　长老说法，主事、徒众雁立侧聆，宾主问答，激扬宗要，其用意在表示“依法而住”。

　　除了听禅师开堂说法，听任学者勤怠，或上或下不拘常准。

　　“行普请法”，倡导“一日不作，一日不食”的农禅生活。其内容与意义我们将另作介绍。

　　此外，对禅院的具体事务也作了种种规定，如置十个寮舍，每舍任用首领一人，管理各种事务等。

　　怀海的“百丈清规”使禅宗的体制更加中国化，对禅宗自身的发展起过重大推动作用，受到广大禅僧们的普遍欢迎。自怀海制订清规以后，禅宗才完全建立起自己的生活方式，为此，宋代《高僧传》的作者赞宁说：“禅门独行由海之始”。

　　北宋崇宁二年(1103)，曾对《百丈清规》作了增订，称《崇宁清规》。以后又相继·有南宋咸淳十年。(1274)的《咸淳清规》，元代至大四年(1311)的《至大清规》等。为了有一统一定本，元顺帝元统三年(1335)，朝廷命江西百丈山住持德辉禅师重辑定本，并由金陵大龙翔集庆寺住持大诉等校正，定名为《敕修百丈清规》，颁布全国，共同遵守。这就是今日丛林所传的《百丈清规》，共八卷。实际上，此本清规的内容精神离怀海的古清规已相去甚远，是一部全新的清规。但它毕竟是以怀海的古清规为蓝本的。

　　《百丈清规》因为朝廷的推崇，以致风行全国，影响极为广远。它的许多有关禅僧生活的规定，一千多年来始终是禅宗和尚们所必遵的基本戒规。