『东京教父』是部令人看得笑中带泪的剧情动画优秀片，故事描述在圣诞节前夕，三个流浪者在新宿街头竟意外捡到一个被遗弃的女婴，三人经过一番如何处置这个弃婴的不同意见争执後，决定要遍迹东京，直到找到这个可怜婴儿的父母为止。

三个流浪者分别是一个年轻时曾醉心赛车，不顾其他，搞到妻离女散的蛮汉、一个曾在酒吧卖唱的人妖，以及一位离家出走的女生。

三个在性格上都有『缺陷』，又身分卑微者，早巳无人生之乐可谈。影片的故事就是藉着他们联手找回婴儿的亲生父母的过程中，如何找回他们过去的幸福及个人应有的尊严。