新疆龟兹石窟研究所技术保护室主任殷弘承说，洞窟裂隙、壁画空鼓、起甲（壁画层翘皮）及人为破坏的现象已严重威胁石窟的保护和留存。24窟是开凿在这片崖体最突出位置上的一个洞窟，窟内已没有壁画，仅剩一些残存的地仗层（壁画与崖体之间的粘合层）显示着这里也曾蓬荜生辉，僧佛云集。而今，一道深深的裂隙赫然入目，从固定在裂隙上的监测标签看，这道裂缝最窄的地方8毫米，宽的地方已超过1.5厘米，随时有崩塌的可能。殷弘承说：“除了自身重力作用，一些依崖而建的雨檐，围廊的修建也都是洞窟裂隙产生和加剧的原因。”

　　在不少石窟内，本应供有佛像的佛龛内空空如也，只有佛龛两侧墙壁上一个个嵌入墙体的手印赫然在目。讲解员说，这是参观者不断试摸造成的，“石窟都刻凿在细纱崖上，看似硬，但只要反复搓擦，细纱就会不断脱落。”除手印之外，随处可见的还有“某某到此一游”的刻痕。一脸无奈的讲解员说：“现在管理严了，刻字的没有了，但偷偷摸手印的人还有。”

　　新疆龟兹石窟保护站原站长买买提·穆萨一生看守保护石窟，32年来目睹龟兹故地几处石窟壁画在各种因素共同作用下迅速黯淡消失而痛心不已。“千百年来，克孜尔石窟壁画保存的好，是因为这里自然环境干燥。但短短30年间，这里修水库、修水电站、修鱼塘，已经人为改变了这里的环境和湿度，这些年大量保护经费都用在洞外，壁画本身的保护严重滞后。”

　　距库车30公里的库木吐拉千佛洞是仅次于克孜尔千佛洞的故龟兹石窟群，现有编号的洞窟112个，因潮湿、浸泡已使60％的壁画、洞窟被毁；库车县东北60余公里“天山神秘大峡谷中”的阿艾石窟具有唐代中原佛教艺术风格，但自1999年首次发现至今的短短几年中，壁画脱离、酥碱、起甲等病害也在加速。

　　克孜尔千佛洞位于与库车毗邻的拜城县克孜尔乡的明屋塔格山，是我国开凿最早、地理位置最西的大型石窟群，与敦煌莫高窟同享中国"四大石窟"美誉，其窟形和壁画均可代表龟兹文化的最高水平。